Меѓу особените вредности во Паркот се издвојуваат т.н. „клучни вредности“ – оние кои мора да се зачуваат и заштитат за да се одржи и унапреди важноста на Паркот. Компонентите на биолошката разновидност кои се сметат за „клучни вредности“ се издвоени според следните критериуми:

·         Големо значење за заштита на природата според следниве критериуми:

o        Ретки или засегнати типови живеалишта (глобално, во Европа или во Македонија);

o        Приоритетни типови живеалишта според Бернската конвенција.

o        Особено добри примери (пр. пространи и природни) од карактеристични живеалишта;

o        Видови засегнати глобално или во Европа;

o        Значајни популации на ретки видови или видови кои се засегнати во Македонија;

o        Ендемски видови или други видови кои имаат голем дел од нивното биогеографско распространување или глобалната популација во границите на Паркот;

o        Особини од голема еколошка важност или интерес.

·         Компоненти на биолошката разновидност кои имаат големо социо-економско значење (шумски производи, пасишта, живеалишта и видови со голема привлечност за туристите);

·         Компоненти на биолошката разновидност кои имаат културно значење (пример ваковски шуми или простори и видови кои имаат голема вредност сами по себе).

Согласно овие критериуми следните компоненти од биолошката разновидност во Националниот парк Пелистер се сметаат за клучни:

Шумите, особено моликовите шуми како типичен и најзначаен примерок од овој тип на живеалиште на Балканот, односно во светот. Шумите во Паркот, особено моликовите и буковите, а во помала мерка и дабовите, се од големо еколошко значење поради тоа што се значајно живеалиште за повеќе засегнати видови или други видови кои се од посебен интерес за заштитата. Шумите исто така имаат големо социо-економско (огревно дрво, шумски плодови, естетски вредности и др.) и културно значење (пример ваковските шуми околу село Маловишта). Шумските заедници кои се среќаваат во Паркот се сметаат за приоритетни типови на живеалишта според Бернската конвенција.

Тревните заедници, особено високопланинските пасишта и другите тревни заедници во планинската зона вклучуваат повеќе локални, македонски и балкански ендемски заедници кои поддржуваат голема видова разновидност, вклучително и повеќе ендемски, реликтни и ретки растителни и животински видови. Тревните заедници имаат и големо социо-економско значење и високи естетски вредности.

Водните екосистеми. Глацијалните езера, планинските извори, потоците и реките како и со нив поврзаните блатни заедници (тресетишта, крајпоточна вегетација) се клучни живеалишта за повеќе локални ендемски и други ретки видови. Глацијалните езера пред сé, но и другите водни живеалишта, се одликуваат со високи естетски вредности и имаат големо социо-економско значење.

Вриштините од брукенталија. Растителна заедница заштитена со Бернската конвенција (приоритетно живеалиште) и важно живеалиште за повеќе видови кои се од посебен интерес за заштитата.

Видовите кои се сметаат за засегнати глобално или во Европа. Во Паркот се среќава слепото куче (Nannospalax leucodon) кое се смета за глобално засегнат вид. Од другите цицачи присутни во Паркот следните се сметаат за засегнати во Европа: волкот (Canis lupus), дивата мачка (Felis silvestris), видрата (Lutra lutra), долгопрстиот ноќник (Myotis capaccinii), бласиевиот потковичар (Rhinolophus blasii), големиот потковичар (Rhinolophus ferrumequinum) и малиот потковичар (Rhinolophus hipposideros). Во оваа група животни се вбројуваат и следните видови птици кои се засегнати во Европа: полската чучулига (Alauda arvensis), еребицата камењарка (Alectoris graeca), потполошката (Coturnix coturnix), планинската стрнарка (Emberiza cia), јужниот сокол (Falco biarmicus), шумската чучулига (Lullula arborea), брадестиот мршојадец (Gypaetus barbatus), еребицата полка (Perdix perdix) и црвеноклуната галка (Pyrrhocorax pyrrhocorax). Пелагониската пастрмка (Salmo pelagonicus) е единствениот вид на риба што се среќава во Паркот и истата се смета за загрозен вид во Европа. Од габите кои се среќаваат во Паркот кралскиот вргањ (Boletus regius) се смета за загрозен вид во Европа.

Видовите кои се сметаат за ретки и засегнати во Македонија. Од вишите растенија кои се среќаваат во Паркот за засегнати во Македонија се сметаат два видови мовови (Andreaea rupestris и Buxbaumia viridis), пелистерската  качунка (Crocus pelistericus), жолтата линцура (Gentiana lutea) и точкестата линцура (Gentiana punctata). Покрај тоа следните виши растенија се ретки во Македонија и значаен дел од нивните популации се наоѓа во границите на Паркот: пази-куќа (Sempervivum octopodes), Knautia magnifica, Sempervivum marmoreum, Viola parvula. Од нижите растенија кои се среќаваат во Паркот за засегнати во Македонија се сметаат четири вида дијатомеи (Achnanthidium kryophila, Luticola undulatа, Navicula roteana и Pinnularia appendiculata), два вида габи (Chroogomphus helveticus и Suillus sibiricus ssp. helvetica) и три вида лишаи (Parmelia exasperatula, Parmelina sorediata и Ramalina carpatica).

Ендемските растенија и животни. Во Паркот се среќаваат две виши растенија кои се среќаваат само во границите на Паркот: пелистерска небесна роса (Alchemila peristerica) и полегнат каранфил (Dianthus myrtinervius). Меѓу без’рбетните животни, амфиподното ракче Niphargus pancici pancici се смета за локален ендем а остракодно ракче Eucypris kurtdiebeli е македонски ендем со значаен дел од својата популација во Паркот. Исто така, следните инсекти (тркачи) се среќаваат само во Националниот парк Пелистер: Duvalius macedonicus, Duvalius peristericus, Tapinopterus comita, Nebria aetolica macedonica, Tapinopterus monastirensis monastirensis и Trechus goebli goebli.

Споредните шумски производи. Поголем број на растителни видови во Паркот имаат големо економско значење. Од лековитите растенија поважни се следните: жолта линцура (Gentiana lutea), точкеста линцура (Gentiana punctata), смил (Helichrysum plicatum), малина (Rubus idaeus), мајчина душица (Thymus spp.), петтопрст (Primula sp.), планински чај (Origanum vulgare), чуен (Chenopodium bonus-henricus), дрвен боз (Sambucus nigra), глог (Crataegus sericeus), кантарион (Hypericum sp.), коприва (Urtica sp.), имела (Viscum album), бреза (Betula pendula) и други. Голем е бројот на видови кои се собираат како декоративни растенија, пред сé оние од фамилиите Liliaceae, Campanulaceae, Orchidaceae, Primulaceae, Gentianaceae, и Iridaceae. Од габите се собираат Boletus edulis (вргањ), лисичарката (Cantharelus cibarius), рујницата (Lactarius deliciosus), срданкот (Macrolepiota procera) и други. Големо економско значење имаат и семето и шишарките од моликата (Pinus peuce), бобинките од смрека (Juniperus communis), семето од елата (Abies borisii-regis) и други.

Животните кои се силно препознатливи и атрактивни за локалното население и посетителите. Во оваа група на видови се вбројуваат кафеавата мечка (Ursus arctos), рисот (Linx linx) и дивата коза (Rupicapra rupicapra balcanica) кои се заштитени со Бернската конвенција како и обичниот елен (Cervus elafus) и срната (Capreolus capreolus).

Покрај биолошката разновидност, меѓу клучните природни вредности на Паркот се вброени и ретките геоморфолошки феномени. Меѓу нив се издвојуваат камените реки поради тоа што се типични и едни од највпечатливите примери од тој вид на Балканот, но и поради нивните естетски вредности. Слизнатите блокови исто така се типични и ретки форми во Македонија и на Балканот.

На подрачјето на Националниот парк Пелистер исто така се среќаваат и повеќе културни вредности меѓу кои се издвојува селото Маловишта со своето архитектонско и културното наследство. Идентификацијата на особените вредности на селото Маловишта произлегува од анализата во „Деталниот урбанистички план за село Маловишта“ (2001-2011) и „Анкетата при проектниот план за интегрирана рехабилитација на архитектонското и археолошкото наследство“ од „Регионалната програма за културно и природно наследство во Југоисточна Европа“ (Совет на Европа и Европска Комисија, 2003).