Главните цели за управување произлегуваат од главните теми во Визијата за иднината на Паркот. Тие се поспецифични изјави за долгорочните намери и резултати кои треба да се постигнат низ управувањето. Согласно Визијата, главните цели на овој План за управување со Националниот парк Пелистер се следните:

• Биолошката разновидност, пределот, културното и геолошкото наследство во Паркот се заштитени за добробитта на сегашните и идните генерации;
• Посетителите имаат низа можности да ги запознаат и разберат природните и културните вредности на Паркот, без нарушување на природните услови и процеси;
• Националниот парк Пелистер придонесува кон социјалниот и економскиот развој на локалните заедници во и околу Паркот;
• Паркот има развиена научно-истражувачка дејност.

За постигнување на овие цели Управата на Паркот ќе го унапреди својот капацитет за управување и ќе работи на подигнување на поддршката од пошироката општествена заедница.