Управата на Националниот парк Пелистер, во соработка со надлежните институции, врши континуирана контрола на изворите на загадување и се грижи субјектите кои стопанисуваат на територијата на Паркот да ги почитуваат законските прописи кои се однесуваат на заштита на животната средина. Сепак, за трајно решавање на некои од проблемите, особено одведувањето и пречистувањето на отпадните води, неопходно е да се инвестира во изградба на нова инфраструктура и опрема. Меѓу најсериозните предизвици се отпадните води од хотелите и другите сместувачки објекти во зоната Голема Ливада и планинарскиот дом на Големо Езеро. Отпадните води од овие објекти видливо влијаат на околните природни вредности, како на пример предизвикување на сушење на моликовата шума во близина на хотел „Молика“, или еутрофикација на Големо Езеро и околните блатишта. Исто така, во селото Маловишта не постои систем за одведување и пречистување на отпадните фекални води ниту систем за собирање, одведување и одлагање на цврстиот смет надвор од границите на Паркот. Како директна последица е сé поголемото загадување на реката Шемница и натамошно намалување на популацијата на пелагониската пастрмка (Salmo pelagonicus).    

Основната цел на овој План е:

ü      Законската рамка која се однесува на заштитата на животната средина се спроведува целосно и доследно.

Мерки и активности:

-        Изготвен е катастар на загадувачи во Паркот;

-        Во соработка со надлежните инспекциски органи се спроведуваат редовни контроли за примената и почитувањето на законските одредби за заштита на животната средина во Паркот;

-        Формирана е служба и набавена е опрема за мониторинг на загадувањето во Паркот;

-        Спроведена е обука на чуварите за надзор и контрола на изворите на загадување во Паркот;

-        Управата на Паркот се залага кај Локалната самоуправа на Општина Битола за изготвување на изведбен проект за изградба на систем за одведување и пречистување на отпадните води од домаќинствата во село Маловишта;

-        Управата на Паркот се залага кај Локалната самоуправа на Општина Битола за изнаоѓање на средства за изградба на систем за одведување и пречистување на отпадните води од домаќинствата во село Маловишта.