Националниот парк Пелистер има богат растителен свет со претставници од над 973 видови виши растенија (скриеносемени, голосемени, папрати и мовови) односно 26.7% од сите видови виши растенија забележани во Македонија. Доколку се земат во предвид и бројните подвидови и форми, вкупниот број на таксони на виши растенија во Паркот е поголем од 1.034. Целосната листа на виши растенија забележани во Паркот е дадена во Табела 6, Прилог I од Додатокот на овој План. Меѓу нив посебно значајни се оние кои се среќаваат само во границите на Паркот (локални ендеми). Во Паркот се наоѓаат и 21 други виши растенија кои се ретки во Македонија (се наоѓаат на 5 или помалку локалитети) како и 9 видови чие распространување е ограничено на Балканот (Балкански ендеми). Вкупно 61 вид од вишите растенија се од посебно значење поради тоа што се на работ на нивното природно распространување, имаат ограничено распространување или се сметаат за ретки или засегнати. За науката исто така се важни и видовите (вкупно 15) за кои Паркот е местото на нивното првично откривање (locus classicus).

Нижите растенија во Националниот парк Пелистер се претставени со над 338 видови. Од алгите наведени се 61 вид дијатомеи, вклучително и четири видови кои се сметаат за ретки и засегнати во Македонија. Лишаите во Паркот се претставени со 63 видови меѓу кои три се сметаат за ретки и многу засегнати видови во Македонија. Целосен преглед на алгите и лишаите во Паркот е даден во Табела 3 и 4, Прилог I од Додатокот. Паркот изобилува со разновидни видови габи, над една петтина од сите видови габи познати во Македонија. Од вкупно 265-те видови габи забележани во Паркот, еден се смета за загрозен во Европа, а два видови се сметаат за ретки и многу засегнати габи во Македонија. Листата на сите видови габи досега откриени во Паркот е дадена во Табела 5, Прилог I од Додатокот на овој План.