Разновидноста на геолошки форми и растителни заедници во Националниот парк Пелистер овозможиле да се развие широк спектар на живеалишта кои пак од своја страна поддржуваат бројни и разновидни популации на диви животни. Паркот е посебно значаен поради цицачите кои живеат во него, особено крупните ѕверови од причини што нивните популации брзо се намалуваат или се пред истребување низ Европскиот континент. Досега во Паркот се забележани 41 видови цицачи што претставува половина од сите видови цицачи забележани во Македонија. За истакнување е фактот што во Паркот живее слепото куче Nannospalax leucodon кое се смета за глобално загрозен и уште 7 други видови кои се сметаат за засегнати во Европа. Некои од цицачите се откриени и за прв пат опишани токму во Паркот: реликтната кртица (Talpa stankovici), подвидот на лисестата полјанка Clethrionomys glareolus makedonicus и подвидот  на слепата кртица Talpa caeca beaucournui. Исто така, во Паркот се среќаваат два ретки видови, реликтната кртица (Talpa stankovici) и фелтеновата полјанка (Microtus felteni) кои се среќаваат само во некои делови од Балканскиот полуостров. Од досега забележаните цицачи во Паркот 24 видови се заштитени со Бернската конвенција. Треба да се нагласи дека групата на лилјаци (Chiroptera) воопшто е малку истражувана во Паркот. Целосен преглед на цицачите во Паркот е даден во Табела 22, Прилог I од Додатокот. 

Во Паркот се забележани 94 видови птици (30% од сите видови познати за Македонија) од кои дури 88 се заштитени со Бернската конвенција на Советот на Европа, а 20 видови се заштитени со Бонската конвенција[1]. Вкупно девет видови се сметаат за засегнати во Европа. Целосната листа на птици забележани во Паркот е даден во Табела 21, Прилог I од Додатокот.   

Националниот парк Пелистер е важно прибежиште на 10 видови водоземци што претставува 67% од сите видови водоземци познати во Македонија. Исто така, од вкупно 32 видови влекачи досега регистрирани во нашата земја дури 16 или половината се застапени во Паркот. Сите видови водоземци и влечуги во Паркот се заштитени со Бернската конвенција. Од рибите во Паркот е забележан само еден вид – ендемската пелистерска пастрмка – редок вид со ограничено распространување (Пелистер, Грција, Крит и островите на Егејското Море), и со статус на загрозен вид во Европа. Листите на сите видови водоземци и влекачи од Паркот се дадена во табелите 19 и 20, Прилог I од Додатокот.      

Без’рбетниците се исто така богата и разновидна група, претставена со над 588 видови и подвидови меѓу кои има и такви кои може да се најдат само на Баба Планина (локални ендеми). Така на пример амфиподното ракче Niphargus pancici pancici може да се најдe само во изворските води на Баба Планина и Паркот. Групата на слатководни ракчиња е недоволно проучувана, но постојат индиции дека бројот на локални ендеми може да е поголем. Меѓу инсектите се истакнува групата на тркачи (Carabidае) со вкупно 87 регистрирани видови и подвидови од кои шест се сметаат за локални ендеми. Постојат детални податоци и за другите групи на безрбетни животни во Паркот (Curculionidаe, Ropalocera, Odonata, Orthoptera, Syrphidae, Chrionomidae, Aranea, Gastropoda, Diptera, Lepidoptera и други) меѓу кои има голем број на балкански ендеми (види табели 7 до 18, Прилог I, во Додатокот на овој документ). Од друга страна, некои групи воопшто не се проучени во Паркот, како на пример Heteroptera, Neuroptera, Hymenoptera, Plecoptera и други.